Om de referentiesituatie te berekenen, wordt de emissie getoetst aan de normen uit het Beh. Bij stalsystemen met een lagere emissiefactor voor ammoniak dan de maximale waarde uit het Beh kan de lagere factor worden aangehouden voor de berekening. Voor de emissiepunten en emissiehoogte worden de waarden uit de vergunning gehanteerd tenzij uit de aangeleverde gegevens anders blijkt.
Voor het vaststellen van de maximale emissiewaarde is het moment van oprichten van een dierenverblijf bepalend en niet het oprichten van een huisvestingssysteem. Bijvoorbeeld: als er een luchtwasser op een bestaande stal wordt geplaatst, dan geldt nog steeds het moment van oprichten van een dierenverblijf voor het vaststellen van de maximale emissiewaarde.