Het opstellen van actuele habitatkaarten is de verantwoordelijkheid van de bevoegde gezagen: de provincies, Rijkswaterstaat (namens het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat – voor de grote wateren) en voor een klein deel het ministerie van Defensie. BIJ12 zorgt voor de centrale opslag van de gegevens. Op verzoek van de bevoegde gezagen bundelt BIJ12 de habitatkaarten en levert deze aan het RIVM om in te voeren in AERIUS.
In de Europese Vogel- en Habitatrichtlijn, die zijn opgenomen in de Omgevingswet, staat dat Natura 2000-natuur niet mag verslechteren. Dat betekent dat beschermde natuur niet mag verdwijnen. Toch is sinds het maken van de T0-habitatkaart op sommige plekken beschermde natuur verdwenen. Op de T1-habitatkaart is deze natuur daarom ook afwezig.
Bij het invoeren van nieuwe habitatkaarten in AERIUS moet rekening gehouden worden met het verslechteringsverbod. In sommige gevallen betekent dit dat duidelijk moet zijn waar het habitat hersteld moet worden op de locatie waar het verdwenen is. Hiervoor wordt een verschilanalyse uitgevoerd. Met die verschilanalyse worden de oude en nieuwe habitatkaart met elkaar vergeleken. Op basis daarvan wordt vastgelegd waar technisch gezien sprake is van verdwenen habitat. Vervolgens gaan de bevoegde gezagen na of er daadwerkelijk sprake is van verdwenen habitat of dat het een andere oorzaak had, zoals een verschil in methodiek.
Voor de hexagonen waarbinnen is vastgesteld dat daadwerkelijk habitat is verdwenen, wordt met een ecologische beoordeling bekeken of het habitat op die locatie terug moet komen. Als dit het geval is, dan staan deze als ‘hexagonen met een hersteldoel’ in AERIUS.